Die Task-Forces sind der selben Kommandostruktur unterworfen, wie die Sternenflotte. Die Taskforces sind nach wie vor die Sternenflotte, nur mit anderen Aufgaben. Quasi eine eigene Abteilung, die nicht völlig autonom ist. Die Task-Forces werden wie die Sternenflotte vom Rat der Föderation und dem Sternenflottenkommando überwacht und geleitet. Ein ganz normaler Sternenflottenadmiral kann Captains der Task-Forces Befehle erteilen und umgekehrt. Wenn ein Schiff der Task-Forces zum Beispiel in einen Sektor einfliegt, der von einem “Sternenflottenadmiral” kommandiert wird, unterliegt es automatisch seiner Befehlsgewalt. Natürlich in Abstimmung mit dem Task-Force-Command.

Ein Captain der Task-Force hat nicht mehr Privilegien als ein Captain der Sternenflotte. Selbe Uniform, selbe Regeln. Nur der Communicator ist anders.

Es gibt jetzt auch Fleetcaptains, Commodores und Fleetadmirals in der Sternenflotte. Das ist keine Randerscheinung der Task-Forces. Ein Fleetadmiral bei der Sternenflotte kommandiert eine reguläre Flotte.

Regierungsebene:
1. Präsident der UFP
2. Föderationsrat
3. Mitgliedswelten-Regierung

Sternenflottenkommando:
1. Chief Admiral (Fleetadmiral)
2. Vice Chief Admiral (Fleetadmiral)
3. Stabschefs (zu denen auch der Chief of Task-Force Operations und der Chief of Starfleet Operations gehören.) (beides Fleetadmirals)
4. Die Fleetadmirals aller bis jetzt existierenden Task-Forces (7 insgesamt für sieben Schlüsselsektoren)
5. Regulärer Sternenflottenverwaltungsaparat (Commodores, Rearadmirals, Viceadmirals & Admirals)
4. Sektorenkommandanten (Raumstationen, Planeten, Forschungseinrichtungen etc.) vom Commander aufwärts. (Beispiel DS9 oder Admiral Ross. Der war Sektorenkommandant)

Taskforcekommandostruktur:
1. Fleetadmirals (Verbandsleiter, Gouverneure, Sektorenkommandanten)
2. Fleetcaptains (Stellvertreter)
3. Captains der Schiffe der Task-Forces